Diferença entre snRNA-seq e scRNA-seq

O SnRNA-seq usa núcleos isolados em vez de células inteiras para formar o perfil da forma de expressão do gene. Ou seja, scRNA-seq mede os transcritos citoplasmáticos e nucleares, por outro lado snRNA-seq mede naturalmente os transcritos nucleares (embora a potência de alguns transcritos esteja ligada ao endoplasmático rugoso reticulum e parcialmente preservada em reticulum preparações nucleares). Isso permite que snRNA-seq prossiga apenas no núcleo e não na célula inteira. Por esse motivo, em comparação com scRNA-seq, o snRNA-Seq é mais adequado para traçar o perfil da forma de expressão gênica em células de difícil isolamento (por exemplo, adipócitos, neurônios), além de tecidos preservados.

Além disso, os núcleos necessários para snRNA-seq podem ser obtidos rápida e facilmente a partir de tecidos frescos, levemente fixados ou congelados, enquanto o isolamento de células individuais para RNA-seq de célula única( scRNA-seq) envolve incubações e processamento estendidos. Isso dá aos pesquisadores a habilidade de obter transcriptomas que não são tão perturbados durante o isolamento.

Imagem 271A | Os experimentos básicos de snRNA-Seq que não utilizam um fluxo de trabalho DroNC-Seq seguiriam um protocolo semelhante a este | Simkrai / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Basic_snRNA-Seq_Workflow.png) from Wikimedia Commons

Autor : Yavor Mendel

Referências:

Técnicas usuais de biologia molecular II

Ferramentas de Biologia Molecular VI