Número de células a serem analisadas

De um modo geral, para um experimento típico de sequenciamento de RNA de célula em massa (RNA-seq), dez milhões de análises são geradas e um gene com mais do que o limite de 50 análises por kb por milhão de análises (RPKM) é considerado expresso. Para um gene de 1kb de comprimento, isso corresponde a 500 análises e um coeficiente de variação (CV) mínimo de 4% sob a suposição da distribuição de Poisson. Para uma célula de mamífero típica contendo 200.000 mRNA, os dados de sequenciamento de pelo menos 50 células individuais precisam ser agrupados na regulação para atingir este valor CV mínimo. No entanto, devido à eficácia da cópia reversa e outro ruído introduzido nos experimentos, mais células são necessárias para a forma precisa de análises de expressão e identificação do tipo de célula.

Sequenciamento de fita modelo de célula única DNA

Sequenciamento de fita modelo de célula única DNA, ou sequenciamento de fita, é uma técnica para o sequenciamento seletivo de fitas modelo parentais de uma célula filha. Esta técnica tem muitas aplicações, incluindo a identificação de trocas de cromátides irmãs na célula parental antes da segregação, a identificação de contigs desorientados durante o alinhamento de análises para o genoma de referência e a avaliação da segregação não aleatória de cromátides irmãs.

Imagem 261A | RNA Fluxo de trabalho de sequenciação de célula única RNA | Yijyechern / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:RNA-Seq_workflow-5.pdf) from Wikimedia Commons

Autor : Yavor Mendel

Referências:

Técnicas usuais de biologia molecular II

Ferramentas de Biologia Molecular VI