DNA As sequências de DNA ligadas a uma proteína específica podem ser isoladas por imunoprecipitação dessa proteína (ChIP), esses fragmentos podem ser então hibridizados com um microarray (tal como uma matriz de tiling) permitindo a determinação da ocupação do sítio de ligação da proteína em todo o genoma. Proteína de exemplo para imunoprecipitar são modificações histone (H3K27me3, H3K4me2, H3K9me3, etc.), proteína do grupo Polycomb (PRC2: Suz12, PRC1: YY1) e proteína do grupo do tritórax (Ash1) para estudar a paisagem epigenética ou RNA Polymerase II para estudar a paisagem de cópia.
DamID
Analogamente ao ChIP, as regiões genômicas ligadas por uma proteína de interesse podem ser isoladas e usadas para sondar um microarray para determinar a ocupação do local de ligação. Ao contrário do ChIP, DamID não requer anticorpos, mas faz uso de metilação de adenina perto dos locais de ligação da proteína para amplificar seletivamente essas regiões, introduzidas pela expressão de pequenas quantidades de proteína de interesse fundida à DNA adenina metiltransferase bacteriana .
Imagem 146A | Dois chips Affymetrix. Uma correspondência é mostrada no canto inferior esquerdo para comparação de tamanho. | Nenhum autor legível por máquina fornecido. Schutz assumiu (com base em reivindicações de direitos autorais). / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Affymetrix-microarray.jpg) do Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
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